Le conseil d’administration est composé de 30 personnes : 16 représentants des membres fondateurs, un à trois représentants des membres associés, trois personnalités qualifiées, sept représentants des personnels des membres fondateurs et un représentant des doctorants.

A ceux-ci s’ajoutent des personnalités participant de droit aux réunions du conseil d’administration, dont des représentants des ministères de l’agriculture, de l’alimentation, de la pêche, de la ruralité et de l’aménagement du territoire, de l’enseignement supérieur et de la recherche et des affaires étrangères et européennes, ainsi que le président du conseil d’orientation stratégique.

La présidente du conseil d'administration assure la direction de l’établissement dans le cadre des orientations définies par le conseil d’administration.

- Présidente du conseil d’administration : Marion Guillou (présidente de l’Inra)
- Vice-président du conseil d’administration : Grégoire Thomas (directeur général d’Agrocampus Ouest)

Un bureau, formé des directeurs généraux des membres fondateurs, assiste la présidente du conseil d'administration dans ses fonctions.

Le conseil d’orientation stratégique (COS) est présidé par Bernard Chevassus-au-Louis, inspecteur général de l’agriculture. Il réunit les partenaires et de nombreux acteurs externes des champs d’activité du consortium : pour un tiers composé de personnalités étrangères ou ayant une expérience à l'international et de personnalités du secteur socio-professionnel français ou européen, ONG et associations françaises ou internationales, établissements publics ou agences.
 

Le bureau constitué des directeurs généraux des établissements membres fixe les grandes lignes d’action et valide les principales décisions.
 

Une équipe de direction assure le fonctionnement de l’EPCS. Il participe à la définition de la stratégie, met en place et coordonne les projets :

Des groupes de travail et des réseaux de concertation, animés par l’équipe de direction, instruisent et suivent chacun des projets et des chantiers.

Un comité de programme, constitué des directeurs scientifiques des membres, contribue à l’instruction des actions et veille au respect des critères de recevabilité, de pertinence par rapport aux missions d’Agreenium et de cohérence par rapport à la politique des membres.

Agreenium s'est en outre doté d'une Direction des relations internationales mutualisée (DRIM) grâce à la mise à disposition des agents de la Mission des relations internationales de l'Inra et de l'affectation par le Cirad d'une partie des agents de sa Direction générale déléguée à la recherche et à la stratégie. Cette direction a pour objectif d'assurer quatre missions principales : la représentation à l’étranger, une participation accrue au système mondial de la recherche agronomique, l’accueil des délégations étrangères et l’appui à la construction d’actions de partenariat internationales, bilatérales et multilatérales.