Il détermine les orientations générales des actions du consortium.
Sa composition est la suivante :
A ceux-ci s’ajoutent des personnalités participant de droit aux réunions du conseil d’administration, dont des représentants des ministères de l’agriculture, de l’alimentation, de la pêche, de la ruralité et de l’aménagement du territoire, de l’enseignement supérieur et de la recherche et des affaires étrangères et européennes, ainsi que le président du conseil d’orientation stratégique.
Les membres, qui disposent d’un mandat de trois ans, élisent en leur sein leur président qui assure la direction de l’établissement.
Marion Guillou est l’actuelle Présidente du Conseil d’Administration et Grégoire Thomas (Directeur Général d’Agrocampus Ouest) en est le Vice-Président.
Il assiste la présidente du Conseil d'Administration dans ses fonctions et fixe les grandes lignes d’action de l’établissement.
Il est composé de la présidente et du vice-président du Conseil d'Administration ainsi que des directeurs généraux des membres fondateurs initiaux.
Le COS apporte au Conseil d’Administration une réflexion à long et moyen termes sur les grandes orientations d’Agreenium en matière de recherche, formation et développement. Il examine également les demandes d’expertise collective des ministères de l’Agriculture, de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche, des Affaires étrangères et Européennes, de l’Ecologie et de la Santé et du secrétariat d’Etat à l’Outre-Mer.
Il réunit les partenaires et de nombreux acteurs externes des champs d’activité du consortium : pour un tiers composé de personnalités étrangères ou ayant une expérience à l'international et de personnalités du secteur socio-professionnel français ou européen, ONG et associations françaises ou internationales, établissements publics ou agences.
Il est présidé par Bernard Chevassus-au-Louis, inspecteur général de l’agriculture.
L'équipe de direction assure le fonctionnement de l’EPCS, participe à la définition de la stratégie, met en place et coordonne le suivi de ses projets. Elle est constituée d’un Directeur, Stéphane Guilbert, d’un Directeur Adjoint en charge de l’international, Christian Hoste et d’une Secrétaire Général, Odile Vilotte assistée d'une équipe permanente.
Agreenium comprend, en outre, une Direction des Relations Internationales Mutualisée regroupant actuellement les compétences d’appui à l’international de l'Inra et du Cirad. Celle-ci assure une représentation institutionnelle à l'étranger, l'accueil des délégations étrangères et appuie la construction d'actions de partenariats internationales, bilatérales et multilatérales ainsi que la participation au système mondial de la recherche agronomique.
Dans ce cadre, Agreenium bénéficie de représentations régionales (France métropolitaine et outre-mer), à l'étranger (Afrique subsaharienne, Amérique latine, Asie) et auprès d'organisations internationales (FAO, FIDA, PAM, Banque Mondiale et Banque inter-américaine de développement).
En parallèle, des Groupes de Travail et des Réseaux de Concertation, animés par l’équipe de direction, instruisent et suivent chacun des projets et des chantiers.